Web-Design

[SWAT]

1. Вообще они выполняют разные задачи, но если ты используешь регулярки только для тех функций, что выполняет filter_var, то лучше этот фильтр и используй, так как регулярки работают медленно.
2. Ну ты дал стране угля, кто же пароли к куках хранит. Для этого есть сессии, ты после авторизации в сессии храни флаг о том что пользователь авторизован. В данном случае в куках хранится только ID сессии, которая живет определенное время (зависит от настроек сервера), а данные сессии находятся на сервере, поэтому этот флаг никто не может поменять кроме тебя. Сессии использовать предельно просто, у тебя в распоряжении есть глобальный массив $_SESSION в котором ты можешь хранить что хочешь, как правило это ID пользователя и признак авторизован ли он (ну это минимальный набор).
3. С числами все просто, а вот со строками уже сложнее, конечно то что ты написал это помогает, но это основные меры. Если ты хочешь большей защищенности от хлама, то необходимо валидировать каждое поле по своему (в зависимости от того что туда вводится), к примеру с использованием регулялок.
4. Смотри в сторону JS фреймворков типа jQuery и Mootools, там есть все что тебе нужно. Сейчас мало кто что то сам изобретает, все используют уже готовые, кроссбраузерные фреймворки.