ярлыки для образов и бинарников на рабочий стол

[SWAT]

Да тут командная строка. Makefile отвечает как раз за сборку, просто пишешь в директории с ним в консоли "make" и он начинает работать.
Файл ".build" хранит в себе просто номер сборки, которая автоматически там меняется при каждом вызове make, никакой другой нагрузки он больше не несет, его можно удалить в любое время, он создастся сам.
В общем собрать модуль ты можешь из module.c с помощью Makefile