Краткое руководство:
1) Открываем интересующий нас GDI с помощью программы 
gdrom explorer(обычно входит в состав 
Lazyboot папка 
extra_tools)
2) Слева в окне кликаем правой кнопкой мыши по 
High Density, в контекстном меню выбираем 
Create CUE sheet и сохраняем его в той же папке где лежит наш образ
3) Запускаем 
CDMAGE(обычно входит в состав 
Lazyboot папка 
extra_tools) 
file..  open... 
Выбрать наш файл, к примеру
 SKIES OF ARCADIA DISC1 (High Density).cue
4) кликаем по левой кнопкой мыши по
 track 3, в окне программы наблюдаем содержание нашего диска 
5) для замены любого файла кликаем по нему правой кнопкой мыши, из контекстного меню выбираем 
Import File.... Выбираем тот файл который хотим интегрировать в образ.
 Если импортируемый файл меньше оригинала, он будет увеличен путем добавления нулей в конце файла. 
Если импортируемый файл больше оригинала программа просто его обрежет.
Из плюсов, не нарушается структура диска и не нужно пересобирать образ по новой тратя на это время, практически сразу, даже не закрывая CDMAGE можно запустить эмулятор и смотреть изменения.